1 骨髓抑制为最常见的毒性白细胞往往在给药后10～14天最低多在第21天恢复正常血小板减少比其他烷化剂少见；常见的副反应还有恶心呕吐严重程度与剂量有关
2 环磷酰胺的代谢产物可产生严重的出血性膀胱炎大量补充液体可避免本品也可致膀胱纤维化
3 当大剂量环磷酰胺（按体重50mg/kg）与大量液体同时给予时可产生水中毒可同时给予呋塞米以防止
4 环磷酰胺可引起生殖系统毒性如停经或精子缺乏妊娠初期给药可致畸胎
5 长期给予环磷酰胺可产生继发性肿瘤
6 复方环磷酰胺可减轻严重免疫抑制
7 用于白血病或淋巴瘤治疗时易发生高尿酸血症及尿酸性肾病
8 少见的副作用有发热过敏皮肤及指甲色素沉着粘膜溃疡谷丙转氨酶升高荨麻疹口咽部感觉异常或视力模糊